船过崆岭滩后行不多时便进入了牛肝马肺峡。牛肝马肺峡全长4.5公里。在长江北岸的千奇百怪的悬岩峭壁上，有几片重叠下垂黄褐色的岩石，形如牛肝，在它的旁边还有一岩石又象马肺，因而这段峡谷取名为牛肝马肺峡。牛肝和马肺其实都是地下水中的碳酸钙沉积形成的钟乳石。如今牛肝还完整，而马肺则在清光绪二十六年（1900）年被入侵的英国军舰轰掉了下半部，使马肺残缺不全。后来郭沫若游经三峡时在《过西陵峡二首》中又以“兵书宝剑存形似，马肺牛肝说寇狂。”来遣责英帝国主义侵略我国大好河山的罪行。
    再往前行就是青滩(又称新滩），是川江枯水期水流最急，落差最大的险滩（滩长100多米，落差就达7米多）。据考证在汉、宋、晋、明等朝代均发生新滩岩崩。最大的一次崩岩滑坡发生在1985年6月顷刻间，新滩镇，永远消失了。
    船驶过新滩就进了兵书宝剑峡。在峡谷北岸陡崖石缝中，看去好象放着一个像书卷的东西，传说是诸葛亮的“兵书”。“兵书”下面凸起一根上粗下尖，竖直指向江中的的石头，酷似一把宝剑，故此峡名为“兵书宝剑峡”。后来，通过人们长久的观察，发现洞穴中的兵书并非石头，它实际上是重叠着的两口悬棺。